Les champignons sont un groupe de micro-organismes qui sont classés dans un royaume distinct de celui des plantes et des animaux. Ils sont abondamment présents dans une multitude d’environnements et vivent une existence indépendante, dépendante (parasitaire) ou mutuellement bénéfique. Les champignons sont essentiels au bon fonctionnement de l’écosystème en décomposant la matière morte et en libérant des nutriments vitaux dans le sol et l’atmosphère.
Champignons saprophytes
Les champignons saprophytes (ou décomposeurs) constituent le plus grand groupe de champignons vivant dans le sol. Ils transforment les matières mortes et/ou en décomposition en acides organiques, en dioxyde de carbone et en biomasse fongique (ou leur propre corps). Ils décomposent la matière organique dure, comme le bois, en consommant ses nutriments et en l’immobilisant dans le sol. Les champignons saprophytes sont capables de décomposer la cellulose, la lignine (dont la décomposition libère du carbone essentiel utilisé par de nombreux organismes) et les protéines. On les trouve généralement autour d’animaux morts, d’insectes, de feuilles et d’arbres tombés. Des exemples de champignons saprophytes sont Pleurotus ostreatus (pleurotes), Lentinula edodes (shiitake) et Stropharia rugosoannulata (roi Stropharia).
Champignons mutualistes
Les mutualistes sont un groupe de champignons qui forment des relations mutuellement bénéfiques (relations qui profitent aux deux espèces concernées) avec les plantes. Ils poussent généralement sur les racines des plantes et les aident à obtenir des éléments nutritifs (comme le phosphore) du sol. Les champignons mycorhiziens sont un groupe de mutualistes qui poussent dans les racines des plantes. Il existe quatre groupes principaux de champignons mycorhiziens, dont l’orchidée, l’éricoïde, l’ectomycorhizal et l’arbusculaire. Près de 90 % de toutes les plantes forment des associations mutuellement bénéfiques avec les champignons mycorhiziens. Des exemples de mutualistes incluent les champignons des familles Zygomycota et Basidiomycota.
Champignons pathogènes
Les champignons pathogènes envahissent une plante hôte et décomposent sa matière vivante. Ils dépouillent leurs hôtes de nutriments vitaux, ce qui affaiblit la plante et finit par mourir. Les champignons pathogènes pénètrent dans une plante soit par sa peau extérieure (épiderme), soit en se développant dans ses stomates (trous de respiration). Soit ils infectent une plante et la font mourir, soit ils lui permettent de vivre tout en volant les nutriments essentiels de la plante vivante. Les maladies des plantes causées par les champignons du sol comprennent la pourriture du fond, la tache noire, le chancre, la rouille, la maladie de Rhizoctinia, la pourriture des racines et la galle verruqueuse de la pomme de terre. Les champignons pathogènes du sol sont communément trouvés au début de la saison culturale. Des exemples de champignons pathogènes comprennent Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora et Verticillium.
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